Am 1. April 1946 nahmen die Bezirksverwaltungsgerichte für die Regierungsbezirke Aachen, Köln und Düsseldorf, die im Mai 1945 durch die britische Militärregierung geschlossen worden waren, ihre Tätigkeit wieder auf. Das Kölner Gericht bestand zunächst nur aus zwei Richtern und dem gemeinsamen Präsidenten aller drei Bezirksverwaltungsgerichte, der seinen Amtssitz in Düsseldorf hatte. Die Zuständigkeit der Verwaltungsgerichte war - wie vor dem Kriege - nur dort gegeben, wo ein Gesetz dies ausdrücklich vorsah. Dies änderte sich mit dem Inkrafttreten zweier britischer Militärregierungsverordnungen im Jahre 1948, welche erstmals in den ehedem preußischen Gebieten der britischen Zone die Einführung einer nicht auf Polizeisachen beschränkten verwaltungsgerichtlichen Generalklausel für alle Streitigkeiten des öffentlichen Rechts mit Ausnahme von Verfassungsstreitigkeiten brachte. Ende 1949 bestand das zwischenzeitlich errichtete "Landesverwaltungsgericht Köln" bereits aus vier Kammern, zu denen bis 1956 drei weitere hinzukamen; zu jener Zeit gehörten dem Gericht 26 Richter an. 1950 zog das Verwaltungsgericht, das zuvor provisorisch bei der Bezirksregierung und sodann in verschiedenen angemieteten Räumen untergebracht war, in das neu errichtete Behördenhaus in der Blumenthalstraße 33 ein, in dem es bis zum Umzug in den Appellhof im Jahre 1980 verblieb. Viele Verfahren jener Anfangsjahre betrafen die Folgen der nationalsozialistischen Gewaltherrschaft und des Krieges. Besonders häufig waren Wohnraumbewirtschaftungs- und die hiermit zusammenhängenden Mietpreisverfahren. Eine Besonderheit des Kölner Gerichts bildeten und bilden bis heute die Verfahren gegen die im Bonn/ Kölner Bereich besonders zahlreichen Institutionen des Bundes, zu denen bis zum Umzug der Bundesregierung nach Berlin auch sämtliche Bundesministerien sowie Bundestag und Bundesrat gehörten. Bis zur Mitte der siebziger Jahre war das Gericht auf 10 Kammern mit rd . 40 Richtern angewachsen. Zu den häufigen Verfahren jener Zeit zählten u. a. Verfahren wegen Kriegsdienstverweigerung und Ausländersachen; letztere beschäftigen bis heute mehrere Kammern des Gerichts. Eine weitere, ganz erhebliche Vergrößerung erfuhr das Gericht Anfang der achtziger Jahre mit der Neuregelung der Zuständigkeit für asylrechtliche Verfahren. Das Verwaltungsgericht Köln wurde nicht nur für die in seinem Gerichtsbezirk anfallenden Streitigkeiten aus diesem Bereich, sondern - bis 1991 - auch für Streitigkeiten aus den Verwaltungsgerichtsbezirken Aachen und Arnsberg zuständig. Zeitweise gingen in der Folge fast 8.000 Asylrechtsstreitigkeiten im Jahr beim Gericht ein. Obwohl die Richterzahlen weiter zunahmen - Ende der achtziger Jahre arbeiteten beim Verwaltungsgericht Köln bereits mehr als 90 Richter in 23 Kammern - wuchs der Berg der unerledigten Verfahren seit Anfang der achtziger Jahre kontinuierlich an. Hierzu trugen in den neunziger Jahren auch Tausende von Verfahren aus neuen Sachgebieten wie dem Telekommunikations- und dem Arzneimittelrecht bei. Die anfängliche Erwartung, durch den Umzug der Bundesregierung werde sich die Zahl der Verfahren gegen die Bundesrepublik Deutschland deutlich verringern, erfüllte sich nicht. Der Zuzug neuer Bundesbehörden in den Gerichtsbezirk aufgrund des Berlin-Bonn-Gesetzes und der Anstieg der Verfahren deutschstämmiger Aussiedler aus Osteuropa - allein aus diesem Bereich gingen zeitweilig jährlich fast 4.000 Verfahren beim Verwaltungsgericht Köln ein - bewirkte, dass Ende der neunziger Jahre zeitweise über 27.000 Verfahren beim Gericht anhängig waren. Gleichzeitig stieg die Verfahrensdauer steil an.
Durch personelle Verstärkung des Gerichts und leicht rückläufige Eingangszahlen konnte die Zahl der unerledigten Verfahren bis zum Jahresende 2003 auf unter 15.000 Verfahren verringert werden. Obwohl die Zahl der Beschäftigten in der Folgezeit wieder zurückging, hielt dieser Trend an. Die Zahl der anhängigen Verfahren liegt seit Jahren nunmehr nachhaltig nur noch bei etwa 6.000. Der Großteil aller Verfahren wird in deutlich weniger als einem Jahr erledigt. In Eilverfahren wird nötigenfalls am Tag des Eingangs entschieden.